第一、林权争议的解决方式，应当先行申请政府裁决，而不能直接向法院提起诉讼。
现行《土地管理法》第十四条第一款规定，土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。因此，对于林权争议发生之后，应当由政府处理。政府处理的程序，是对争议事项进行裁决，所谓的行政裁决。经过政府的裁决，作出相应的处理决定。当事人对处理决定不服的，可以向法院提起诉讼。
然而，对于林权争议，要区分林权争议与一般的民事侵权行为之间的区别。如果是一般的侵权行为，则一方当事人可以直接向法院提起诉讼。
比如，甲村委会持有政府依法颁发的有效的林权证，林权证的四至范围清楚，权利人明确。乙村村民在甲村委会持有有效林权证的林地范围内，擅自进行栽种，则甲村委会可以对乙的侵权行为直接提起民事侵权诉讼。
又比如，甲村委会持有林权证，然而四至范围与林权证上记载的面积不符。乙村委会也持有林权证，四至范围与面积实际不符，且甲、乙村委会林权证的四至范围互有交叉。这时双方发生的争议，则不能直接向法院提起诉讼，应当先行由政府裁决处理。
林权争议，可以分为林地所有权争议、林地使用权争议、林木所有权争议，以及林木使用权争议。
第二、裁决应当由乡级人民政府或者县级人民政府处理。
对于裁决的机关，需要区分不同的争议主体来决定。根据《森林法》第十七条的规定，一般单位与单位之间发生的林木、林地所有权和使用权争议，是由县级以上人民政府来处理。而个人与个人之间、个人与单位之间发生的林木所有权和林地使用权争议，由当地的县级人民政府或者乡级人民政府处理。
单位与单位之间发生的争议，与个人与个人之间及个人与单位之间发生的争议不同的是，单位与单位之间可能就林地的所有权发生争议，而个人与个人之间，个人与单位之间不会对林地的所有权发生争议。由于我国土地的所有权是归国有或者集体所有，个人不能拥有土地的所有权，因此，不同的主体争议内容会有所区别。
第三、裁决的程序。
（一）争议双方先行协商，经协商达成协议的，双方当事人在协议书及附图上签字盖章，并报所在地的林权争议处理机构备案。
（二）双方如果不能协商一致的，申请当地的林权争议处理机构处理。
1、提交申请书。申请书应当有（1）当事人的姓名、地址及其法定代表人姓名、职务：具体根据实际情况，如果涉及到单位的，应当写法定代表人姓名及职务，如果不涉及到单位的，则无需写法定代表人及职务，应当是天然人的基本信息。（2）争议的现状，包括争议面积、林木蓄积，争议地所在地的行政区域位置、四至和附图。（3）争议的事由，包括发生争议的时刻、缘故。（四）当事人协商的意见。
2、林权争议处理机构依法受理，告知各方当事人依法提交证据。
3、林权争议处理机构组织调解。达成调解意见的，双方当事人签字盖章，调解员署名，加盖林权争议处理机构印章，并报同级政府或者林业行政主管部门备案。
4、未达成调解协议的，争议处理结构制作处理意见书，报同级人民政府作出决定。
5、同级人民政府作出处理决定，送达各方当事人。
第四、不服处理决定的救济程序。
向人民法院依法提起诉讼。《森林法》第十七条第三款规定，当事人对人民政府的处理决定不服的，可以在接到通知之日起一个月内，向人民法院起诉。
向上一级人民政府申请行政复议。《行政复议法》第六条第四项规定，有下列情形其中一个的，公民、法人或者其他组织可以依照本法申请行政复议：（四）对行政机关作出的关于确认土地、矿藏、水流、森林、山岭、草原、荒地、滩涂、海域等天然资源的所有权或者使用权的决定不服的。
